南京新风系统运行前应在回风、新风的吸入口处和粗、中效过滤器钱设置临时用过滤器，实行对系统的保护。新风系统的检测和调整，应在系统进行全面清扫，且已进行24h及以上达到稳定后进行。
洁净室洁净度的检测，应在空态或静态下进行或按合约规定。室内洁净度检测时，人员不宜多于3人，均必须穿与洁净室洁净度等级相适应的洁净工作服。
南京新风系统还应符合下列规定：
1 单向流洁净室系统的系统总风量调试结果与设计风量的允许偏差为0-20%，室内各风口风量与设计风量的允许偏差为15%。新风量与设计新风量的允许偏差为10%。
2 单向流洁净室系统的室内截面平均风速的允许偏差为0-20%，且截面风速不均匀度不应大于0.25。新风系统的新风量和设计新风量的允许偏差为10%。
3 相邻不同级别洁净室之间和洁净室与非洁净室的静压差不应小于5pa，洁净室与室外的静压差不应小于10pa。
4 室内空气洁净度等级必须符合设计规定的等级或在商定验收状态下的等级要求。高于等于5级的单向流洁净室，在门开启的状态下，测定距离门0.6m室内侧工作高度处空气的含尘浓度，亦不应超过室内洁净度等级上限的规定。